Existen herramientas gratuitas de buena caliadad para UML. Tanto Netbeans como Eclipse soportan esta funcionalidad con el ciclo completo de desarrollo desde generación de código hasta reingenieria. Esto, claro, si se quiere trabajar en Java. En .Net no he encontrado este grado de funcionalidad en herramientas Open Source. Una opción de bajo costo, relativo a RUP y similares, es Visual UML. Visual Paradigm tiene una edición limitada sin costo, Smart Development Environment Community Edition for Visual Studio.
UML, ejemplo sencillo sobre Modelado de un Proyecto Introducción a UML